随后处理善后事务，最重要的是收编军队，不管是东洲兵还是益州本地户籍的官兵，都要择优录取，执行一样的标准，且采取自愿的原则。目前只在蜀郡和广汉郡执行，犍为郡和巴郡还没接收完毕，暂且缓期。在两郡中，包括贾龙、任岐和赵韪以及刘璋所辖的大约九万本地官兵中，愿意参军并合格录取的军人仅有三万步兵和三千骑兵。而东洲军的三万步兵和一万骑兵中却选拔出了两万五千步兵和八千骑兵；他们来自外地，大部分都是逃难百姓，在益州无恒产，参军是他们最好的出路。如此以来，大量不符合要求和不愿意继续从军的士兵被遣散回家，这让不喜欢战争的益州士族、豪族和普通百姓都欣喜不已。而且在军队内采取中低级军职挑战选拔的策略，使得那些参军者士气高昂。接着，赵云从库房中调拨粮食和其它储备物资，稳定市场物价，派出督邮审查地方，使得益州几郡越发稳定。半个月后，犍为郡传来信息，已接收完毕。一个月后，巴郡接收完毕，辖区内保持稳定。这四郡，可以说是益州最富庶的地方，四郡汉族人口占益州汉族人口总数的九成，占据四郡便可宣称占领了益州。现在最令赵云头疼的是对贾龙、任岐和赵韪三人的任用。升官增加俸禄，立功获得奖赏，是那个时代天经地义的事情，是人生的价值体现。虽然他们主动投降，品德令世人所不齿，但是他们所立之功甚大，否则赵云不会如此轻易进驻益州；现在他们已高居太守之位，或兼中郎将之职，已升无可升了；他们又是本地豪族，根本不缺金钱，奖赏对他们的意义不大。且高顺势力皆采取军政分离，让他们此后只任军职或者只管政务，都是对他们的贬低，等于是降职。更重要的是，赵云到来亦被列为东洲人士，与本地士族豪强也是对立关系，若是处理不好，必会令本州势力强烈反弹，这对赵云来说，是个严峻的考验。不过这时，高顺的信件到达，让赵云压力顿时减轻许多。首先，高顺宣布，赵云署理益州牧，就是代理州牧，已报朝廷，等待最终批复。其次，划汉中郡归凉州管辖；汉中郡的地缘位置太过重要，由关中控制为宜，这样的话，避免益州本地势力有不好的想法，让益州士族和土豪不敢有异心；从凉州传来的消息，周飞已派人接管汉中郡和武都郡，子午故道也在加紧修复中；汉中郡太守张鲁以及家人、重要信徒等将被护送前去冀州；这让赵云和郭嘉再无后顾之忧，凉州便是他们的依靠。第三，命令赵云派人护送刘璋以及家人前往冀州。第四，建议赵云重新划分行政，取消属国，建立郡县，缩小每郡地盘，便于加强对地方的控制。第五，建立水军，建议由甘宁负责组建水军。最后，建议赵云在稳定地方后，辟除刘巴为州府高级文官，严颜为中郎将。征辟制是汉武帝时开始推行的一种自上而下选拔官吏制度。征辟可以分为“征”和“辟”两类：朝廷特征士人，为“征召”；地方长官自行辟除士人，为“辟除”。西汉之时，既有征召、也有辟除，二者可以合称“征辟”，东汉也是如此。随信件一起来的还有可担任州郡级官职的文官三十位，可担任军司马、别部司马或者都尉级别的武官三十位，以及众多中低级的文武官员，这让赵云在用人上方便了许多。看完信件，赵云和郭嘉内心大定，开始调整。别驾位置暂由军师郭嘉兼任，黄权担任别驾从事。阎圃担任治中；杨昂任治中从事。阎圃和黄权皆为益州人士，杨昂为汉中郡人，此举是做给益州士族看的。张任被提升为骑兵中郎将，下辖一万骑兵，驻守梓潼；史阿被任命为步兵中郎将，下辖一万步兵，驻守成都；李严被任命为步兵中郎将，下辖一万步兵，驻守雒县；赵云直辖的一万骑兵驻守成都，骑兵护卫驻成都军营，步兵护卫驻州牧府。随后，派人招降广汉属国，广汉属国的青羌义从骑兵被赵云打残了，再无可战之力，只得宣布归顺州牧。蜀郡属国都尉以及所辖官兵在成都投降，这样，蜀郡属国也纳入治下。郭嘉根据高顺的建议，取消蜀国属国，设汉嘉郡，郡治在汉嘉县。取消广汉属国，广汉属国与广汉郡梓潼县以北的地盘设为梓潼郡，郡治在梓潼县；剩余地盘依然为广汉郡。把犍为郡一分为二，西北部为犍为郡，东南部为江阳郡；陈超被任命为犍为郡郡丞。巴郡一分为二，垫江县（合川）和铜锣山以北为巴郡，郡治在安汉县；南部设为江州郡，郡治在江州县。各郡都尉下辖一千骑兵和五千步兵；各县尉下辖两百步兵和一百骑兵；此举大大加强了对地方的掌控。甘宁被任命为水军别部司马，驻江州郡，这正合他意思，此后更是对赵云势力忠心耿耿。以南诸郡尚未纳入管辖范围；原来刘璋对南部诸郡的控制力度非常弱，很多郡县连官员都没有派，现在连招降都没法进行，只好暂且作罢，先稳定当前占领地区后再说南中诸郡之事。等稳定的差不多了，赵云与郭嘉才分别找贾龙、任岐和赵韪三人进行谈话，咨询他们的意见。这时，不仅赵韪对当前现状不满，连贾龙和任岐两人对当前的结果也非常不满意。他们之所以反对刘璋父子，便是希望获得更大的权力，无奈刘璋父子以青羌和东洲兵为依赖，对他们进行残酷打压。本想迎凉州军前来，打败刘璋势力，他们西洲派借助外力能做大做强，割据一方，实现益州人治益州的目的，没想到凉州人的做派更让他们失望，不仅失去了地方太守之职，连军权都严重缩水。赵云不仅在军队中大量安插东洲人，大部分高级和中级军官皆为东洲人，且大幅提高官兵薪俸，分发免税耕地，改善伙食标准等，低级军官又实行挑战制度，使得官兵对赵云势力极为忠心。现在他们既失去了对地方的行政控制权，又失去了对军队的绝对控制；此后不管从军还是从政，都必须在赵云划定的圈子内活动，没有任何自由发挥的空间。鉴于这种情况，他们就是想造反也晚了，汉中郡被凉州控制，从剑门关到阳平关的各关口要隘皆为凉州兵把守，不说赵云现在所辖的官兵兵强马壮，对他忠心耿耿，若是他们有异动，凉州铁骑月内可至。更让他们难以接受的是，任何无地之人，只要到县衙登记户籍，便可按照人口分配荒地，配给农具和种子，甚至会借给口粮，且免税两年，这无疑对益州士族和土豪狠狠的一击，不过此举却获得了普通百姓对现任官府的忠心。断人钱路等于杀人父母。赵云的所作所为，让他们有种卸磨杀驴的感觉，与他们的心理差距太大。益州其他士族、土豪对新州府的诸多政策亦非常失望，感觉还不若刘璋在任的好。
