正始三年（公元242年）春，魏帝追谥司马懿之父京兆尹司马防为舞阳成侯。三月，司马懿上奏修广漕渠，引河入汴，疏通东南各个大湖，于淮北大规模屯田。吴国派诸葛恪屯驻皖城，边人深以为苦。
司马懿要率兵攻之，朝臣以为诸葛恪占据坚城，广有粮谷，孤军远攻，救兵必至。司马懿却确认为吴军所擅长的是水战，而不是陆战。湖水冬浅，船不能行，救兵必弃船就陆相救，于陆战破敌就很容易了。
正始四年（公元243年）九月，司马懿率军出征，皇帝车驾送出津阳门。军队到达舒城，诸葛恪[kè]果然焚烧积聚，弃城而走。司马懿又巡视淮北屯田区，提拔农家子弟邓艾主持屯田。
正始五年（公元244年）春，大将军曹爽欲立威名，不听太傅司马懿劝止，力主伐蜀，魏帝曹芳从之。结果为蜀前监军、镇北大将军王平所败，魏军被阻于兴势，后方也军粮供应不上，牛马骡驴大量死亡，蜀涪县及费祎援军亦相继到达。
曹爽见不能胜，被迫听从司马懿的劝告，于五月率大军退还。遭蜀军截击，魏军苦战，始得退回，失散、伤亡甚众。
正始六年（公元245年）八月，曹爽废置中垒、中坚营，把两营兵众统交他的弟弟曹羲率领，司马懿援引先帝旧例制止，曹爽不听。
正始七年（公元246年）正月，吴兵入侵柤中，有万余家百姓为避吴兵，北渡沔水，司马懿认为沔南离敌太近，倘若百姓奔还，还会引来吴兵，应该让他们暂留北方。曹爽不同意，说道：“现在不能在沔南修城守地，反而让百姓留沔北，这不是长远之计。”
司马懿则说道：“放在安稳之处所则安稳，放在危险之处所则危险，人与物都是如此。所以兵书上说‘成败在于形，安危在于势’。形势是驾驭众人的关键，不能不审慎对待。假设吴贼以二万人防守沔水，三万人与我沔南诸军对抗，一万人猛攻柤中，我们怎么去援救呢？”
曹爽不从，驱令还南。吴兵果然击破柤中，所失百姓，数以万计。曹爽的行为不但违背了顾命大臣应有的本分，也使魏国国力衰退，不少有志之士颇感不安，希望太傅主持公道。并州刺史孙礼就去和司马懿抱怨，司马懿安慰他说：“且止，忍不可忍。”
正始八年（公元247年）四月，夫人张氏薨。曹爽用心腹何晏、邓飏、丁谧之谋，把郭太后迁到永宁宫，一时曹爽兄弟“专擅朝政，兄弟并掌禁兵，多树亲党，屡改制度”。五月，司马懿伪装生病，不问政事。
正始九年（公元248年）三月，黄门张当把内庭才人石英等十一人送给曹爽，曹爽、何晏乘机与张当勾结，谋危社稷。曹爽及其同党也担心是司马懿装病。同年冬，河南尹李胜要到荆州任刺史，行前去拜望他。司马懿假装病重，李胜出来后对曹爽说：“司马懿已像尸体一样，卧床不起，只有残余之气，形神已经分离，不值得忧虑了。”
以后又说道：“太傅不能康复，令人忧伤。”所以曹爽等对司马懿未加戒备。
嘉平元年（公元249年）正月，魏帝曹芳离开洛阳去祭拜魏明帝高平陵，大将军曹爽、中领军曹羲、武卫将军曹训均从行。司马懿乘机上奏郭太后，请废曹爽兄弟。当时，司马师为中护军，率兵屯司马门，控制京都。
司马懿列阵，经过曹爽门前，曹爽部将严世登楼，引弩欲射司马懿，孙谦拉着他的胳膊阻止他说道：“事情的真相还不可知。三次想要射箭三次被制止，孙谦皆按住严世之肘使之不能射出。”
大司农桓范出城去投曹爽，蒋济担心道道：“智囊往矣。”