西汉末年，天下大乱，曹仁暗自结集上千青年，游于淮河、泗水之间，后带队跟随曹操，任别部司马，行厉锋校尉。
初平四年（公元193年），在曹操与袁术的战役中，曹仁大有斩获。从征徐州，曹仁经常督领军骑，担当阵前先锋。又别攻徐州刺史陶谦的部将吕由，击破敌军，再与大军会师彭城，大胜陶谦军队。后从攻费县、华县、即墨、开阳，陶谦派遣部下急救诸县，皆被曹仁击破。
兴平二年（公元195年），曹操征吕布，遣曹仁别攻句阳，成功拔城，更生擒吕布手下将领刘何。
建安元年（公元196年），曹操平黄巾后，迎接汉献帝定都于许县，并以曹仁数有军功，拜为广阳太守。曹操十分器重其英勇武略，于是不使曹仁守郡，而让他以议郎身份（职官名。秦代设置，掌论议。）督军。
建安三年（公元198年），从征张绣，曹仁别攻周围县地，略城虏众达三千馀人。曹操军退还之际，张绣派军追击，曹军不利，士卒丧气，曹仁起而激厉将士，军心甚奋，曹操壮其所为，最终击破张绣。
建安四年（公元199年）二月，张杨为部将杨丑所杀，杨丑又被眭固所杀，眭固引众欲投袁绍，屯于射犬。四月，曹军进军临河，曹仁与史涣、乐进、于禁、徐晃等人渡河击眭固。眭固使张杨故长史薛洪、河内太守缪尚留守射犬，自己则带兵北寻袁绍求救，然而与曹仁等人相遇于犬城。双军交战，曹军大胜，史涣斩杀眭固，尽收其众。
建安五年（公元200年），曹操、袁绍相持于官渡，汝南降贼刘辟等响应袁绍反叛，侵扰许地，袁绍遣刘备出袭濦、强诸县，县众多举而应之。使自许县以南之地，吏民皆甚不安，曹操亦以之为忧。此时曹仁进言：“南方诸县以为我军当下有官渡之急，不能解救他们，而刘备此时却以大军压境，他们的背叛是正常的事。但刘备刚刚带领袁绍的兵，还未能得其所用，一击便可破了。”曹操同意其言，于是令曹仁遣骑攻打刘备，将其击走，曹仁终于尽复收各个叛县而还。后来袁绍遣别将韩荀想钞断曹军西道，却被曹仁破之于鸡洛山。袁绍自此不敢再别遣分军。曹仁又与史涣等抄截绍运粮车，尽烧其粮。[5]
建安十年（205年），河北既定，曹仁从围高干于壶关。当时曹操下令：“城陷之后，尽坑敌军。”结果连月不下。
曹仁向曹操劝谏：“主公，围城攻郭，必须向敌军宣示活门，这是为了替其开辟生路。如今主公向敌军宣告城陷必死，那敌人势将坚心死守。而且此城坚固粮多，要攻，则士卒疲伤，要守，则迁延日久；这样顿兵于坚城之下，强攻死守之兵，不是良计。”曹操听从其言，果然城池立降。于是收录曹仁前后军功，封都亭侯。
建安十三年（公元208年），从曹操讨平荆州，曹仁成为行征南将军。赤壁之战后，曹操留曹仁留守南郡。
周瑜、程普率领几万人马，和曹仁隔江相持。两军尚未交锋，周瑜先派甘宁前往占据夷陵。夷陵城内基本没有曹仁的兵马，以致于甘宁刚刚到达那里，就立即得到了夷陵。曹仁不得不分出一部分兵马去攻打夷陵。甘宁向周瑜告急。周瑜采用了吕蒙的计谋，留下凌统守卫后方，亲自带兵去救甘宁，在夷陵大破曹仁，解除了甘宁之围。周瑜乘势渡过长江，驻兵北岸，与曹仁相持。