周瑜出身大族，他的堂祖父周景、堂叔周忠，都官居汉朝太尉之职。其父周异，曾任洛阳令。周瑜本人身材高大、相貌俊美，志向远大。
初平元年（公元190年），孙坚兵讨董卓时，他家人住在寿春，当时孙坚长子孙策与周瑜同年出生，而且在江淮一带很有名气。周瑜慕名前去拜访，劝孙策带母亲弟弟移居庐江舒县，孙策听从了他的意见。
周瑜让出路南的大宅院供孙家居住，且登堂拜见孙策的母亲，两家交好。初平二年（公元191年），孙坚死后，孙策带家人搬离了庐江。
兴平二年（公元195年）周瑜前去探望身为丹阳太守的从父周尚。正好孙策率军入历阳，将要东渡长江，于是写信给周瑜。周瑜率兵迎接孙策，给他以大力支持。孙策十分喜悦后说道：“某有了你，事就成了。”
于是，周瑜随从孙策先克横江、当利，接着挥师渡江，进攻秣陵（今南京江宁秣陵关），打败了笮融、薛礼，转而攻占湖孰、江乘，进入曲阿，逼走刘繇。当时孙策部众已发展到几万人。他对周瑜说：“我用这支队伍攻取吴郡、会稽郡，平定山越，已经足够了，你回去镇守丹阳。”于是，周瑜率部回到丹阳。
不久，袁术派其堂弟袁胤取代周尚任丹阳太守，周瑜随周尚到了寿春。
建安三年（公元198年），袁术发现周瑜有才，便欲收罗周瑜为已将。周瑜看出袁术最终不会有什么成就，所以只请求做居巢县长，欲借机回江东，袁术同意了周瑜的请求。
周瑜在做居巢县长认识了鲁肃，认为他非同寻常，就主动与他相交，两人建立了如同春秋时公孙侨和季札那样牢不可破的朋友关系。
这一年，周瑜和鲁肃一同从居巢回到吴郡。
孙策闻周瑜归来，亲自出迎，授周瑜建威中郎将，调拨给他士兵两千人，战骑五十匹。此外，孙策还赐给周瑜鼓吹乐队，替周瑜修建住所，赏赐之厚，无人能与之相比。孙策还在发布的命令中说道：“周公瑾雄姿英发，才能绝伦，和我有总角之好，骨肉之情。在丹阳时，他率领兵众，调发船粮相助于我，使我能成就大事，论功酬德，赏赐还远不能回报他在关键时刻给我的支持呢！”周瑜时年二十四岁，吴郡人皆称之为周郎。
因庐江一带，士民向来佩服周瑜的恩德信义，于是孙策命他出守牛渚、后来又兼任春谷长。
建安四年（公元199年）孙策要攻打荆州，拜周瑜为中护军，兼任江夏太守，随军征讨。十二月，孙策率周瑜等人攻破皖城，虏获袁术手下刘勋家人及他们部下的男女亲族，其中桥公二女皆国色天姿，孙策自纳大乔，周瑜纳小乔。