1777年，葡萄牙的玛丽亚一世女王继位，名义上她和丈夫佩德罗三世共治，实际上佩德罗从来不理朝政，只是关心打猎和宗教事务。
当时正值美国独立期间，在这场战争中西班牙、法国、英国及荷兰都卷入了，而葡萄牙与巴西的贸易正处于活跃期，于是在1776年蓬巴尔侯爵建议国王签署了一项法令，禁止所有的葡萄牙港口对北美的船只开放，并将这些船只视为海盗，理由是“因为这样恶例会引诱一些封臣反叛他们的自然领主”。
继位后的玛丽亚一世女王继续执行蓬巴尔的这一政策，使得葡萄牙处于“中立”，而当时由于战争，美国切断了与英国大西洋贸易，这有利于葡萄牙这样的中立国作为英国商品的供应国销售。在此期间葡萄牙的红酒出口量也大量增加，英国货进口量却少了，这段时间葡萄牙与英国的贸易第一次出现顺差。
从1757年到1777年，约有25000名奴隶从葡属几内亚运往帕拉和马拉尼昂，为了帮助巴西和葡萄牙定居者，葡萄牙政府还为他们提供贷款，并将利息从5%下降到3%，最后完全取消，奴隶出售的价格是按照他们在非洲西海岸出售的价格再加上一点点运输费制定的。这段时间巴西的可可豆在数量上成倍增长，还有棉花、稻米、兽皮。
自里斯本大地震后，包括国王在内都住在木结构的住宅里，后来这木屋还被烧毁了，多亏了这段时间贸易的增加，王室才能在木建筑的原址上重新修巴洛克-洛可可风格的宫殿，然而工程进行到一半，又因为财政紧张和国内运动打断了工程。
不过伤害最大的还是由吕西安和戈多伊率领的“橘子战争”，工程不得不中途停止。自法国爆发大革命之后葡萄牙的警察总监马涅克就一直企图阻止有关大革命的报纸和书籍在葡萄牙流传，葡萄牙的外交官认为必须与西班牙、英国联手对付法国。
那时葡萄牙女王玛丽亚一世的身体和精神状态就不怎么好了，1782年蓬巴尔侯爵去事，蓬巴尔的政敌就开始叫嚣着要对蓬巴尔一派的人动手，玛丽亚一世对此进行了镇压。
曾经有一些波尔图市民，在喝醉了之后上街闹事，反对上杜罗河农业和葡萄酒总公司，因为该公司垄断了波尔图所有的酒店，还关闭了许多小酒馆。这些人后来都被镇压了，13名男人和1名女人在绞死后示众，10名妇女和46名男人被流放，另外还有大批人被送到大帆船上去服苦役。
由于蓬巴尔的政策诞生了一些新贵族，玛丽亚一世镇压的却是旧贵族。这些得益于蓬巴尔侯爵的垄断公司的另一个特权是可以对葡萄牙殖民地的一些特定的产品征税，由此保证了王室可以在特定的时间里获得固定的税收。
总之玛丽亚一世对镇压旧贵族保有极度的不安与愧疚，又加上她的丈夫1786年去世，因为悲痛她的精神更不稳定，再加上欧洲动荡不安的局势让她心力交瘁，于是1792年她的忧郁症变为疯癫，有时甚至清醒有时糊涂，无人敢设想她能继续执政，她的长子若奥已经成为实际的统治者。
路易十六被押送上了断头台，这一年法国派了一名使节来葡萄牙，试图劝说葡萄牙保持中立，但是他一到边境就被驱逐了，紧接着葡萄牙与英国、西班牙的谈判完成，若奥王子与西班牙和英国订立了新的同盟条约。
可是战争并不顺利，1795年西班牙背着葡萄牙和英国，与法国签订了和平条约，这样法国就转而对付英国与葡萄牙之间的联盟。戈多伊要求与若奥王子结盟，而若奥王子认为葡萄牙失去了很多军备，需要英国这个盟友，并没有答应不允许英国的船只不能再葡萄牙的港口停泊的要求。
接着西班牙向英国宣战，葡萄牙派人去巴黎展开谈判，试图保持中立，而法国提出的要求是割让巴西的部分土地，以及赔款换取和平，1797年情人节那天，葡萄牙的一名间谍帮着英国海军在圣文森特角外击溃了法国舰队，4月份法国就驱逐了葡萄牙使节，并强迫西班牙入侵葡萄牙。
那时的国际形势对葡萄牙非常不利，出路只有两条，要么纳入法国，要么与英国结盟，不论哪一条都会破坏葡萄牙的独立。
1801年拿破仑让马德里发出最后通牒，要求葡萄牙在英国和法国之间作出最后的选择，但是葡萄牙保持沉默，4月份法军进攻葡萄牙，一直认为解决葡萄牙问题唯一的办法是出兵占领葡萄牙的戈多伊率领五个纵队支援，然后葡萄牙与西班牙签订了《巴达霍斯条约》，与法国签订了《马德里条约》割让巴西北部的领土给法国，支付2500万法郎赔款，又割让了奥利维萨城给西班牙，却并没有对英国舰队关闭所有的港口。
当西班牙堵着密西西比河，不让英国船只随意出入的时候，在加勒比海及南美游弋的英国舰队也想以牙还牙。不过战时对中立国船只的“捕捞”是以运送敌货为借口，现在和平了，这个借口不好使，但有人想出了一个办法，那就是“解放奴隶”。
也有可能最早这么干的是一个废奴主义者，不论如何有二十艘从美国满载着烟草回欧洲的西班牙“运奴船”被这么“捕捞”了，接着在利物浦装船的奴隶变少，但葡萄牙并没有取代英国往北美洲贩运奴隶。
葡萄牙依旧想要保持“中立”，生怕轻举妄动又引来西班牙入侵，葡萄牙国内还有很多“亲法派”，他们认同法国大革命的价值观。由于担心这些人会在法军和西班牙人的逼近时作出和巴黎类似的举动，当王室撤退时，玛丽亚女王迷迷糊糊的，还在问为什么要离开。