这次南巡，是许多人一生中最重要的转折点。
南巡生两变，一嫡子薨逝，二继后断发，帝后离心。
这次南巡没有炩妃，可皇帝还是选择了不顾圣誉，游冶声色。楚墨对皇帝风流没什么意见，可他却因美色懒政怠政了。
皇后去寻皇帝时，楚墨沉吟片刻，上小船跟了去。刚一走近，就听见两人的争吵声，如懿平静的声音暗含着长久以来的控诉。
“皇上就像您最爱的水仙花，临水自照，您只爱惜您自己。”
“皇上是给臣妾脸面吗？皇上是给自己脸面吧！你总有这么多的说辞，其实刚愎自用，薄情寡性，自私虚伪，是你，疑心深重的更是你。”
“放肆！”
这全无顾忌的话揭开皇帝的面纱，深深刺痛了他的内心。他重重喘气，怒道：“你藐视君上，失去了一个做臣妇的本分，与其看你如此疯魔，不如朕废了你。”
对于皇帝的盛怒，如懿却是平静以待，“不用皇上废了臣妾，臣妾做这个皇后已经做得厌烦疲倦，不想再忍了。”
此话过后，里边陷入良久的宁静。楚墨仰头，只见高远的天际上挂着一轮凄清的月亮，脚下的水似在缓缓地流动，不知何处来的渺远歌声，若有若无，一阵风飘过，消散无踪。
楚墨刚一垂下头，就见璟瑟过了来。微风拂过，楚墨上了小舟，冷了神色朝她道：“来这处干什么，回去吧。”璟瑟嘟着嘴，有些娇气又犹豫道：“二哥，可是皇阿玛他，和皇额娘是怎么了，我很担心……”
话还没说完，楚墨眼神一瞥，神色愈冷，璟瑟握握手，委屈地低下头，哥哥他好吓人，赶紧挥挥手，叫人把船划回去。
不多时，皇帝下口谕，皇后迹类疯迷，不堪中宫重责，命福隆安送回宫中医治，愉妃晋为贵妃，暂摄六宫事。旨意下达后，臣民震惊，继后引发的风波还没有过去，太监就急报：“皇上，二阿哥不好了，您快去看看。”
皇帝又慌又急，忙去看儿子。他去看时，儿子已处于极其虚弱的状态，连话都说不出一句，只能吐出简单的音节，皇帝听着，似是在说永琮、和敬。他一面安抚，一面责问御医，太医纷纷叩首，二阿哥这突发的疾病，他们实在是无从诊治。
二阿哥眼中一亮，断断续续说出一句，勿要责怪太医，头就歪了下去。太医把脉后，磕头请罪道：“皇上，臣无能，二阿哥薨了。”
消息宛若一道惊雷劈在了皇帝头顶，他久久没有回过神来，这是老天要惩罚他吗？妻离子死，上天何其残忍！
二阿哥暴病而亡，所有人都陷入悲伤的氛围中，在太后的劝慰下，皇帝才缓缓走出哀伤，勉力主事，在杭州逗留了一两天后，就下令回銮。回京后，皇帝为爱子举行了盛大的葬礼，追封其为元和太子。
宫中举丧已毕，佟玉麟来辰亲王府取遗留在书房的一柄宝剑，刚一进去，就发现一熟悉的身影站在书架前取什么东西。他慌乱地抽出宝剑，道：“你是人是鬼，来王爷的书房做什么？”
楚墨回头，看见佟玉麟，想也不想就把人击晕在地。等收拾完舆图等后，他看着倒在地上的少年，正思索着拿他怎么办，接应的人与沈珍珍进来，以为他发觉了身份，就要杀人灭口，楚墨却摆摆手道：“把他也带上吧。”
佟玉麟再醒后，发现自己被关在黑暗的房间里不知时间几何，再见到太阳时，他竟发现身处一繁华城池中，这里与别处迥然不同，有很多新奇事物。在宫中稀罕的钟表等西洋物件，在这里家家户户都有。
还没有回过神来，有一叫傅长镜的年轻男子领他回家，给他介绍这里的风土人情，从小接受忠君爱国的儒家伦理教育的佟玉麟的世界观被颠覆了，这里不尊君主，宣扬所谓的科学民主，简直是妖孽之言，大逆不道。
佟玉麟起初想要逃离这个地方，可是那傅长镜善于辞令，不知不觉他竟被洗脑，开始适应这里了。后来，他才知道，此处是南方的一座城池，名为萌城，而建立起这个城池的就是萌芽组织。傅长镜就是萌芽组织的创始成员之一，人称萌城九子。
等见到萌城九子之一的楚千逢，佟玉麟确认这是二阿哥后，更死心塌地地呆在这里了。佟玉麟从来无所谓忠于皇帝，不过是想一直追随他罢了，不管他是元和太子，还是楚千逢，己心始终如一。
萌城是楚墨趁第一次南巡外出巡视地方时就秘密建立的，起初他的同盟只有傅长镜一个人，后来才慢慢形成组织，傅长镜将组织命名为萌芽，据点命名为萌城。现在以萌城为根据地的萌芽组织已经发展壮大，在各地也有秘密据点，楚墨这萌城九子已经开始商议如何对付王朝了。
现在的王朝，已经在走下坡路了，就如西斜的太阳，再灿烂也改变不了光芒衰弱的事实。有楚墨的情报支持，萌城九子清楚地认识到王朝的情况非常糟糕棘手，上至君王，下至臣民，都安于沉陷沼泽。
皇帝已经逐渐年老疲倦，越发宽和待己，也乐于施恩，更乐于听到感恩颂扬之声，至于这是阿谀奉承，还是蓄意瞒骗，他从不在意。关键的是，他权力欲极重，对于后妃，他要求温婉柔顺，对于儿子，他要求孝顺驯服，不能生出野心。
据萌芽组织的情报，地方的为政情况不容乐观。再这样下去，懒怠贪污之风盛行，官僚体系废弛，这所谓的盛世离崩塌也不远了。一栋高楼的建造要数以年计，但摧毁只是一刹那，清明治世的维系需日复一日，年复一年，肃清吏治这事坚持良久也不会达到绝对清明，但腐败吏治只需几月而已。再者，官府控制思想，前代的自由讲学之风戛然而止，民众心中的自由意志即将泯灭，成为统治者所期望的愚民，这对萌芽组织推行新思想是大大不利的。
皇帝眼中的盛世王朝已在走下坡路，繁华的表面下是文恬武嬉，吏治腐败，法纲解弛。自上而下的拯救，萌芽组织已经不抱期望，何况楚墨，很知道皇帝现在的德行，早年的确是手段精明，勉励勤政，但几十年独尊地位已经让他膨胀腐化，何况他本身就是天下供养的皇帝，想要何物只一句话，一道圣旨，本身不用面对黎民百姓的疾苦。
外使离京后，楚墨毫不可惜地放弃了自上而下的拯救方案，准确的来说，这个方案只是个想法，从来没有列入计划，准噶尔那次针对北地官僚的实验，只是他对投降派有才者的预想处理方案而已。
萌芽组织也认为，已经无法拯救，倒不如扫荡干净，为新政权闯出天地来。下定决心后，九人开始把重心转向军事，敌对王朝的二皇子薨逝，皇帝追封为元和太子。这个消息传来后，萌芽人既是唏嘘，又是庆幸，傅长镜还感叹，“若是这位元和太子可以加入我们就好了。”
追随楚墨而来的佟玉麟写字的笔顿了顿，感叹傅长镜的嘴还真灵，真正的太子就在你们眼前，放着荣华富贵和唾手可得的帝位不要，反着来当叛军了。
五年后，萌芽组织现世，散落在各地的人们赶赴南方萌城，组成萌军，以新式武器开始攻占各州省。虽然武器的威力很大，但是攻城时也没有滥用，毕竟楚墨曾经作为统治者，掌握天下舆图，参政时也把己方的人渗透进重要城池，且己方军队领导者都是精英，是以不过一年，萌军就拿下南方大片领土及沿海重要港口城市。