刘秀以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，而摘除其军政大权。刘秀鉴于原大汉前期三公权重，权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。
尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。但是到了西汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
建武六年（公元30年），刘秀令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是刘秀下诏：“并省四百余县，吏职减损，十置其一”。
刘秀鉴于大汉帝国后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊，即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为地方官吏；并对地方官吏严格要求，赏罚从严。因而经过整顿之后，官场风气为之一变。故有“内外匪懈，百姓宽息”之誉。
刘秀善待功臣，分封三百六十多位功臣为列侯，给予他们尊崇的地位，只解其兵权。并且招揽大批文吏入朝。
刘秀废除大汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了西汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。
刘秀以“柔道”治国，致力于稳定统治的经济建设和政治建设，实行加强中央集权为中心的军制改革，针对周边少数族的威胁，制定了以保守为主的边防政策。刘秀的边防政策基本上维护了东汉政权边境安全与社会稳定，成为“光武中兴“的重要原因，但其保守性，也对东汉边防带来了消极的影响。
东汉初年，针对战乱之后，生产凋敝，人口锐减的情况，刘秀注意实行与民休养生息政策，薄赋敛。建武六年（公元30年），下诏恢复西汉前期三十税一的赋制。其次偃武修文，不尚边功。刘秀“知天下疲耗，思乐息肩，自陇蜀平后，非警急，未尝复言军旅”不会轻易发动边功。
自大汉后期以来，农民之沦为奴婢、刑徒者日益增多，成为大汉末年阶级矛盾日益尖锐化中的一个重要问题。王莽末年，不少的奴婢、刑徒参加起义；同时在一些割据势力的军队中也有不少的奴婢、刑徒。刘秀在重建汉朝政权中，为了瓦解敌军、壮大自己的力量，也为了安定社会秩序、缓和阶级矛盾，曾多次下诏释放奴婢，并规定凡虐待杀伤奴婢者皆处罪。另外，还规定不许任意杀伤奴婢以及废除“奴婢射伤人弃市律”，说明奴婢的身份地位较之过去有所提高。同时，在省减刑罚的诏令中，还多次宣布释放刑徒，即“见徒免为庶民”。
刘秀为了清查核实垦田亩数和户口、年龄，下诏度田，刘秀还严厉打击“度田“不实的官员，平息了由此引起的叛乱，使“度田“取得了成功。与“度田“措施相一致，刘秀执行抑强政策以限制和打击豪强势力，其政权并非代表豪强地主利益的“豪族政权“。“度田“事件后，与此相关的户口调查与上计制度一直得到贯彻执行，因此，东汉时期的户口统计数据是真实可信的。
西汉本是在豪强势力支持下建立起来的。但豪强势力的发展，土地兼并的逐渐严重，既威胁皇权，也影响百姓生活，以及为了加强朝廷对全国垦田和劳动人手的控制，平均赋税徭役负担，刘秀于建武十五年（公元39年）下诏令各郡县丈量土地，核实户口，作为纠正垦田、人口和赋税的根据，又命考察二千石长吏阿枉不平者。